荒漠,谷地两侧四千米以上为以粉花蒿和垫状驼绒藜占优势的高寒荒漠,四千五百到五千五百米的高山为刺矶松、高寒棘豆高寒半灌木荒漠,海拔五千五百到六千五百米的高山下部为高寒稀疏植被,上部为寒冻风化带,六千五百米以上为高山冰雪带。
位于新藏公路与车尔臣河九个大坂山即东经七十七度到八十六度,主脉向南略呈弧形,克里雅山口和喀拉米兰山口是该段联系新疆―西藏通道,中昆仑山海拔六千米以上的山峰有八座,如乌孜塔格、慕士山、琼木孜塔格,平均海拔五千到五千五百米,北坡雪线五千一百到五千八百米,主要河流有喀拉喀什河、玉龙喀什河、克里雅河、尼雅河及安迪尔河,除和田河上源喀拉喀什河和玉龙喀什河水量较大,有利灌溉外,其他河流出山后很快没入塔克拉玛干沙漠中,山地下部为合头草、红沙半灌木荒漠,棕漠土,上部为沙生针茅、短花针茅为主的草原化荒漠,棕钙土,向上过渡为针茅、昆生葱、昆仑蒿为主的高寒荒源草原,在海拔四千五百米山地内部坡麓及岩屑坡上,垫状驼绒藜、糙点地梅组成稀疏的高寒荒漠,在海拔四千五百到五千五百米的下部为稀疏植被,上部为寒冻风化带,更高山峰则为冰雪带。
向东略呈扇形展开,分为三支:北支祁漫塔格山,其南隔以阿牙克库木盆地,东延为唐松乌拉山、布尔汗布达山,中支阿尔格山,东延为博卡雷克塔格、唐格乌拉山与布青山,地形上与阿尼玛卿山相接,南支为构成青南高原上的主体山脉,东延与相接,昆仑山垭口是青藏公路必经之道。
东昆仑山海拔六千米以上的山峰有四座,五千米以上的山峰有八座,平均海拔四千五百到五百米,积雪分布在五千八百米以上的山峰,昆仑山垭口一带的雪线高度,北坡五千两百米,南坡五千四百米,雪线附近的年均温零下九度到零下八度,山间谷地西大滩一带的年均温低于零下三度,年降水量三百五十毫米左右,山地顶部年降水量略有增加,青藏高原北坡现代多年冻土的下界在四千两百米左右。
主要河流有流入塔里木盆地中的车尔臣河,流入柴达木盆地的有那仁郭勒河、乌图美仁河、及柴达木河,前者由冰雪融水补给,属于塔里木内流水系,后四者由降水与湖水补给,属于柴达木内流水系。
山地北坡为荒漠化草原,在海拔三千六百米以下为干燥剥蚀的基岩山地,几无植物生长,沟坡及岩屑上堆散生有垫状驼绒藜,红沙、合头草荒漠,三千六百到三千八百米过渡为紫花针茅亚高山草原,三千八百到四千五百米的山地下部是以小嵩草为主的草原化高山草甸,上部为垫状植被,四千五百到五千米以上过渡为稀疏的高寒植丛和寒冻风化带,五千五百米以上为高山冰雪带。
昆仑山是中亚仅有内流水系地区的一个组成部分,主要与北面的塔里木盆地和柴达木盆地及南面的西藏高原有关,只有黄河与长江源头所在的山系最东支脉有注入海洋的水系,该山有两个主要河网,发源于喀喇昆仑山脉和藏北的大河,流水切割峡谷,穿越整个昆仑山链而去,还有疏泄外围山坡流水的小河,主要河流形成漫长曲折的河谷,有几条河流给昆仑山北缘绿洲供应灌溉用水。
虽然昆仑山河流接纳一些雨水,但其主要由积雪和冰川供水,流量遂因季而异,百分之六十到百分之八十的流量出现于夏季月份。
这时冰雪的强烈融化与最大降水结合在一起,雪和冰川的强烈蒸发导致浅盐湖的形成。该山尽管海拔很高,却由于气候极端干燥而几乎没有冰川作用,外表积雪只存在于最高山峰的深隙之中,冰川活动的主要中心出现在海拔约接近七千公尺之处,所有冰川都以其非同寻常的陡峭和缺乏融水而引人注目,该山几乎完全不受印度洋和太平洋季风的气候影响,相反其却处于大陆气团的持续影响之下,引起年气温和日气温的巨大波动,山系中段最干燥。
而西部和东部的气候多少缓和一些。该山最干燥的地区,年降水量在山麓不足五十公厘,在高海拔区约为一百多公厘。
在帕米尔和西藏诸山附近,年降水量增加到四百五十七公厘,在山(与北部平原交界的山)的低层,七月平均气温是二十五到二十八度,在一月不低于零下九度。
然而在山的上部和西藏边界,七月平均温度低于十度,在冬季则常降至零下三十五度或更低。昆仑山北坡属暖温带塔里木荒漠和柴达木荒漠,降水量小。